蘑菇科Agaricaceae是担子菌门中物种最为丰富、形态类型高度多样的类群之一，长期以来由于分类体系不稳定严重阻碍相关资源的保护和可持续利用。近日，中国科学院微生物研究所赵瑞琳团队通过整合多基因系统发育、系统发育基因组、演化时间估算及形态学证据，系统重建了广义蘑菇科（Agaricaceae sensu lato）的分类框架，为该类群提供了稳定且具有演化时间依据的系统分类体系。相关论文在Fungal Diversity在线发表，题目为“Disentangling taxonomic chaos in Agaricaceae s.l.: an integrative phylogenomic framework with divergence dating reconstructs classification”。

该研究共研究了2011–2025年间的采集及其它菌物标本馆的借研材料共1255份标本，分别构建多基因、基因组系统发育树，并结合形态学与演化时间证据，将广义蘑菇科区分为狭义蘑菇科、马勃科、鬼伞科、钉灰包科和疣孢环柄菇科；狭义蘑菇科内分别建立四个亚科；建立2个新属，43个新种，10个新组合。

图.广义蘑菇科主要类群的系统发育及演化时间格局

该研究不仅系统解决了广义蘑菇科数十年来的核心分类争议，展示了系统发育基因组学与演化时间估算在复杂真菌类群分类研究中的关键价值，也为食用菌资源利用、毒蘑菇鉴别及真菌多样性评估提供了稳定可靠的分类基础。

中国科学院微生物研究所博士研究生李贾鑫为论文第一作者，赵瑞琳研究员为通信作者。本研究得到科技部科技基础资源调查专项、西藏自治区科技计划项目、青海省大型真菌多样性调查项目、神农架国家公园本底资源调查等项目资助。