益处

土壤原生动物对增加土壤肥力有作用，在土壤群落中以细菌特别是有害细菌为食的原生动物对改良土壤细菌群落起到了一定的作用。

利用原生动物纤毛虫来消除有机废物，有害细菌以及对有害物质进行絮化沉淀。

一些浮游原生动物也为鱼类提供了大量饲料。

危害

据报道，至少有28种原生动物是人体寄生虫，危害人体健康，全世界至少有四分之一人口患寄生虫病。在我国重点防治的有五大寄生虫病：血吸虫病、疟疾、黑热病、丝虫病、钩虫病，其中疟疾和黑热病就是分别由疟原虫和利什曼原虫引起的。另外，还有锥虫引起睡眠病、毛滴虫病、阿米巴痢疾等都是危害较重的人体寄生虫病。焦虫、球虫等危害家畜，黏孢子虫、小瓜虫、车轮虫等危害鱼类。